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Participation at the II CINBIO Annual Meeting

The II CINBIO Annual Meeting (PACBB 2018) took place in Vigo (Spain) days 25th and 26th June, and the SING group participated in different ways. First, PanDrugs was presented by Elena Piñeiro-Yánez from the CNIO Bioinformatics Unit in a talk entitled "PanDrugs: novel method to prioritize anticancer drug treatments according to individual genomic data" (click here to see her talk). PanDrugs, recently published in Genome Medicine, is a feasible method to identify potentially druggable molecular alterations and prioritize drugs to facilitate the interpretation of genomic landscape and clinical decision-making in cancer patients.

Secondly, our SEDA software, developed in collaboration with the Phenotypic Evolution Group from Porto, was presented as a poster presentation entitled "A toolbox for facilitating the manipulation of FASTA sequences". And finally, Daniel Glez-Peña acted as chairperson of the first session of the second day.

The presentations can be seen online at UVigoTV.

We take this opportunity to congratulate the organizing committee of this II CINBIO Annual Meeting for the excellent organization and the huge effort made for the ocassion.

June 27th, 2018

 
Participation at the PACBB 2018 conference

The 12th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (PACBB 2018) took place in Toledo (Spain) from 20th to 22nd June, and the SING group participated with two contributions made in collaboration with the Phenotypic Evolution Group. Both contributions, listed bellow, were presented in the third session of the conference, entitled Omics data analysis and mining:

  • H. López-Fernández; P. Duque; S. Henriques; N. Vázquez; F. Fdez-Riverola; C.P. Vieira; M. Reboiro-Jato; J. Vieira (2018) A bioinformatics protocol for quickly creating large-scale phylogenetic trees. 12th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics: PACBB 2018. Toledo, Spain. 20 - June
  • N. Vázquez; S. Rocha; H. López-Fernández; A. Torres; R. Camacho; F. Fdez-Riverola; J. Vieira; C.P. Vieira; M. Reboiro-Jato (2018) EvoPPI: a web application to compare protein-protein interactions (PPIs) from different databases and species. 12th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics: PACBB 2018. Toledo, Spain. 20 - June Presentation file

The first contribution was presented by Jorge Vieira (Phenotypic Evolution Group), who introduced a novel bioinformatics protocol for quickly creating large-scale phylogenetic trees where some of our previously developed tools such as SEDA and ADOPS are used. The second contribution was presented by Hugo López-Fernández, postdoctoral researcher of our group, who introduced EvoPPI, a web application to compare protein-protein interactions (PPIs) from different databases and species.

Also, Florentino Fdez-Riverola and Miguel Reboiro-Jato acted as chairpersons of the second (Systems Biology) and fifth (Sequences) sessions, respectively.

June 21st, 2018

 
«Informáticos con vocación social»

«Informáticos con vocación social» es el título del reportaje sobre el grupo de investigación SING que el diario Faro de Vigo publica el domingo 17 de junio de 2018 en su suplemento Estela.

Este reportaje, disponible tanto en la edición digital como en la edición impresa, destaca las últimas investigaciones del grupo que más impacto tienen en la sociedad. Una de esas investigaciones es el proyecto PolyDeep, presentado públicamente el pasado 28 de mayo, que cuenta con financiación del Ministerio de Economía, Industria y Competitividad y que tiene como objetivo el desarrollo "de un sistema informático capaz de dar apoyo en tiempo real al endoscopista en la visualización de pólipos de colon y en la toma de decisiones terapéuticas sobre ellos".

Otra investigación destacada es la que dio lugar a PanDrugs, una herramienta desarrollada en colaboración con la Unidad de Bioinformática del Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas publicada recientemente en la revista Genome Medicine. Esta herramienta se encuadra en el ámbito de la medicina personalizada y tiene como objetivo ayudar a los oncólogos a encontrar el mejor tratamiento farmacológico para cada paciente con cáncer.

June 17th, 2018

 
CiteScore 2017 values are now available

Elsevier has just released the CiteScore metrics updated with 2017 annual values. You can see the official release note here. Powered by Scopus, citation impact metrics are available for all peer-reviewed research journals, book series, conference proceedings and trade publications covered by the popular abstract and citation database launched in 2014.

As Elsevier says, CiteScore provides "a set of simple, reproducible journal metrics that cover all journals in Scopus. Although the values are presented as a set number annually at the end of May, you can use CiteScore Tracker to monitor the impact of titles each month, giving a good indication of what their mid-year’s value will be.".

This year, more than 23 350 source titles were ranked by the eight indicators that form CiteScore metrics: CiteScore, CiteScore Tracker, CiteScore Percentile, CiteScore Quartiles, CiteScore Rank, Citation Count, Document Count, and Percentage Cited.

Please, remember that CiteScore has been moved to the new Scopus metrics page available here.

June 11th, 2018

 
Presentación del proyecto PolyDeep

El pasado 28 de mayo se presentó públicamente el proyecto PolyDeep, liderado por los investigadores del grupo SING Daniel González Peña y Miguel Reboiro Jato. El proyecto, titulado POLYDEEP: sistema inteligente de detección y clasificación en tiempo real de lesiones colorrectales mediante deep learning, cuenta con financiación del Ministerio de Economía, Industria y Competitividad y tiene como objetivo el desarrollo "de un sistema informático capaz de dar apoyo en tiempo real al endoscopista en la visualización de pólipos de colon y en la toma de decisiones terapéuticas sobre ellos".

El proyecto, que se desarrollará hasta el año 2020, se realiza en colaboración con el Grupo de Investigación en Oncología Digestiva del Hospital Universitario de Ourense (Giodo), el cual está coordinado por el Doctor Joaquín Cubiella y cuyo equipo investigador está integrado por Eloy Sánchez, Jesús Miguel Herrero, Laura Rivas, Manuel Jiménez y Rubén Domínguez.

Durante la presentación, de la cual se puede ver debajo el resumen emitido por Telemiño, Virxilio Rodríguez, vicerrector en funciones del Campus de Ourense, destacó cómo esta iniciativa se enmarca en la línea de trabajo que vienen desarrollando grupos del Campus en colaboración con grupos del Hospital. Por su parte, Julio García, gerente del Servicio Gallego de Salud en Ourense, hizo hincapié en que “es un proyecto realmente innovador” y afirmó que “supondrá seguro un impulso importante del ámbito da endoscopia oncológica”.

Distintos medios se hicieron eco de la noticia:

May 31st, 2018

 
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